Mamíferos – A Mata Atlântica possui cerca de 250 espécies de mamíferos, das quais 55 são endêmicas. Os mamíferos são os que mais sofrem com o desmatamento.


Aves – Possui cerca de 1020 espécies de aves, sendo 188 espécies endêmicas e 104 ameaçadas de extinção em virtude da destruição dos habitats, da caça predatória e do comércio ilegal, entre as mais ameaçadas estão as aves de rapina.


Anfíbios – Apresentam formas de reprodução estrategicamente diversificada. Na Mata Atlântica há cerca de 370 espécies de anfíbios, sendo 90 endêmicas.


Répteis – O jacaré-do-papo-amarelo é uma das espécies endêmicas da Mata Atlântica, que possui 150 espécies de répteis, das quais 43 também são encontradas na Amazônia.


Peixes – A Mata Atlântica possui cerca de 350 espécies de peixes, sendo 113 endêmicas. O endemismo é justificado pelo isolamento da área em relação das demais bacias hidrográficas.